Nøkkelforskjell - Probe vs Primer
Den molekylære sonden er et lite DNA eller RNA-fragment som gjenkjenner de komplementære sekvensene i DNA eller RNA og tillater identifisering av målsekvensen. Primer er en liten strekning av DNA eller RNA som fungerer som et utgangspunkt for DNA-syntese. Primere og prober hybridiserer med de komplementære nukleotidene til mal-DNA eller mål-DNA. Imidlertid er nøkkelforskjellen mellom probe og primer at primere er nødvendige for DNA-replikering mens sonder er nødvendige for påvisning av spesifikke sekvenser i prøve-DNA.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er probe
3. Hva er primer
4. Sammenligning side om side - Probe vs primer
5. Sammendrag
Hva er en sonde?
Probe er et lite fragment av DNA eller RNA som brukes til å oppdage mål-DNA eller RNA i prøven ved molekylær hybridisering. De er også kjent som molekylære markører. Lengden på sonden kan variere (100 til 1000 baser), og probe-nukleotider er komplementære til den delen av målsekvensen. For å lette deteksjonen er sonder merket med radioaktive isotoper eller med fluorescerende fargestoffer eller antistoffer. Prober binder seg med de komplementære basene til målsekvensen og avslører tilstedeværelsen av mål-DNA eller RNA i prøven. Det er to hovedmetoder for merking av prober: sluttmerking og nick-oversettelse. Sonder er kategorisert i forskjellige typer inkludert DNA-sonder, RNA-sonder, cDNa-prober og syntetiske oligonukleotidprober, og de blir fremstilt ved bruk av forskjellige teknikker.
Sonder er viktige verktøy i mange mikrobielle og molekylære områder som virologi, rettsmedisinsk patologi, farskapstesting, DNA-fingeravtrykk, påvisning av genetiske sykdommer, RFLP, molekylær cytogenetikk, in situ hybridisering, etc.
Figur 01: Fluorescensmerket probe brukt i FISH for patogen deteksjon
Hva er en Primer?
Primer er et kort DNA- eller RNA-fragment som fungerer som en initiator for DNA-syntese. DNA-polymeraseenzym tilfører nukleotider til 3'OH-gruppen i primersekvensen og syntetiserer den nye strengen som er komplementær til mal-DNA. Primere er veldig korte fragmenter med lengden 18 til 20 nukleotider. De blir kjemisk syntetisert i laboratoriet for in vitro DNA-amplifikasjon (PCR). Primere kan ha hvilken som helst sekvens av nukleotider siden de er designet av brukeren. De er syntetisert for å matche med komplementære baser av mal-DNA. Derfor kan den ha hvilken som helst sekvens av nukleotider. Primere er av største betydning for DNA-replikering, siden DNA-polymerase ikke kan syntetisere nytt DNA uten et eksisterende DNA-stykke. Når du designer primere for PCR, må følgende ting vurderes:
- Primere bør inneholde de komplementære nukleotidene til den flankerende enden av DNA som vil amplifisere.
- Grunning bør ha smeltetemperatur mellom 55 - 65 0 C
- G- og C-innholdet bør være mellom 50 og 60%.
To primere brukes i PCR som frem og tilbake for å replikere begge strengene av prøve-DNA. Primere brukes ofte til å utføre PCR- og DNA-sekvensering.
Figur 02: Primer annealing i PCR
Hva er forskjellen mellom sonde og grunning?
Diff Article Middle before Table
Probe vs Primer |
|
| Probe er et lite fragment av DNA / RNA som brukes til å påvise tilstedeværelsen av målsekvensen i en prøve ved molekylær hybridisering. | Primer er en liten strekning av DNA eller RNA som fungerer som utgangspunkt for DNA-replikasjon. |
| Funksjon | |
| Dette oppdager tilstedeværelsen av en bestemt sekvens i prøven av DNA eller RNA. | Dette fungerer som et utgangspunkt for DNA-syntese. |
| Lengde | |
| Lengden kan være i området 100 - 1000 baser | Lengden er vanligvis omtrent 18 - 20 baser |
| Binding med komplementær sekvens | |
| Probe hybridiserer med komplementære baser av målsekvensen | Primer glødes med de komplementære basene til DNA-strengene. |
| Merking | |
| Sonder er merket for enkel deteksjon | Grunning er vanligvis ikke merket |
| Bruk i PCR | |
| Sonder brukes ikke i PCR | Primere brukes i PCR |
Sammendrag - Probe vs Primer
Probe er et lite fragment av DNA- eller RNA-sekvens som kan hybridiseres med komplementære nukleotider for å påvise en målsekvens i prøven. Sonder er merket radioaktivt, immunologisk eller fluorescerende for å se tilstedeværelsen av målsekvensen. Primer er et veldig lite DNA- eller RNA-fragment som fungerer som utgangspunkt for in vitro DNA-amplifikasjon. DNA-polymerase identifiserer 3 'OH-gruppegrunning og initierer byggingen av en ny streng komplementær til malen. Sonder og primere fungerer på samme måte ved å hybridisere med komplementære nukleotider. Dermed er nøkkelforskjellen mellom probe og primer deres primære funksjon.