Hovedforskjellen mellom primer og promoter er at primer er en kommersielt syntetisert kort DNA-sekvens som brukes i PCR for amplifikasjon av en mål-DNA-sekvens mens promoter er en spesifikk DNA-sekvens som gir et sikkert initialt bindingssted for RNA-polymerase og transkripsjonsfaktorer i for å starte transkripsjon.
Primer og promoter er to typer DNA-sekvenser. Primer er et lite DNA-fragment som trengs for polymerasekjedereaksjon (PCR). Den har korte nukleotidsekvenser som er komplementære til den flankerende enden av DNA-strengen. Det er to typer primere, og de fungerer som utgangspunkt for syntesen av nye DNA-tråder. I motsetning er en promoter en spesifikk DNA-sekvens lokalisert oppstrøms for transkripsjonsinitieringsstedet til et gen. Den samhandler direkte med transkripsjonsmekanismekomponenter som RNA-polymerase og transkripsjonsfaktorer for å kontrollere DNA-transkripsjon. Derfor binder RNA-polymerase og andre transkripsjonsfaktorer til promotorsekvensen og initierer transkripsjon.
