Nøkkelforskjell - Nick Translation vs Primer Extension
Nick-oversettelse og primerforlengelse er to viktige teknikker utført i molekylærbiologi. Hovedforskjellen mellom nick-translation og primer-utvidelse er at nick-translasjonsprosessen produserer merkede prober for andre hybridiseringsteknikker mens primer-utvidelsesmetoden identifiserer en spesifikk RNA-sekvens fra en blanding og avslører informasjon om uttrykket av mRNA. Begge teknikkene har stor betydning og utføres rutinemessig i molekylære forskningslaboratorier.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Nick-oversettelse
3. Hva er Primer Extension
4. Sammenligning ved siden av hverandre - Nick Translation vs Primer Extension
5. Sammendrag
Hva er Nick-oversettelse?
Nick-translation er en viktig teknikk som brukes til å forberede merkede prober for forskjellige molekylærbiologiske teknikker som blotting, in situ-hybridisering, fluorescerende in situ-hybridisering etc. Det er en in vitro-metode for DNA-merking. DNA-prober brukes til å identifisere spesifikke DNA- eller RNA-sekvenser. Ved hjelp av en merket probe kan spesifikke fragmenter markeres eller visualiseres fra en kompleks blanding av nukleinsyre. Derfor fremstilles merkede prober ved bruk av forskjellige teknikker som skal brukes til forskjellige teknikker. Nick-oversettelse er en slik metode som produserer merkede prober ved hjelp av DNase 1- og DNA-polymerase 1-enzymer.
Nick-oversettelsesprosessen starter med DNase 1-enzymaktivitet. DNase 1 introduserer hakk i fosfat-ryggraden i dobbeltstrenget DNA ved å spalte fosfodiesterbindinger mellom nukleotider. Når nicket er skapt, vil 3'OH-gruppen i nukleotidet bli gitt, og DNA-polymerase 1-enzym vil virke på det. 5 'til 3' exonukleaseaktivitet av DNA-polymerase 1 fjerner nukleotider fra nicket mot 3'-retningen av DNA-strengen. Samtidig fungerer polymeraseaktivitet av DNA-polymerase 1-enzym og tilfører nukleotider for å erstatte de fjernede nukleotidene. Hvis nukleotidene ble merket, vil erstatningen skje med de merkede nukleotidene, og det vil markere DNA for identifikasjon. Dette nylig syntetiserte merkede DNA kan brukes som prober i forskjellige hybridiseringsreaksjoner i Molecular Biology.
Figur 01: Nick-oversettelsesprosess
Hva er Primer Extension?
Primerforlengelse er en teknikk som brukes til å finne spesifikk RNA-sekvens fra en RNA-blanding og lokalisere 5'-enden av mRNA-transkripsjonen. Det brukes også til å studere strukturen til RNA og uttrykk. Primerforlengelsesmetode utføres med merkede primere eller med merkede nukleotider. Hvis det brukes merkede primere, utelukker det behovet for å merke nukleotidene som brukes til syntesen av cDNA. Det er flere trinn i denne teknikken. Det starter med ekstraksjon av RNA fra prøven. Deretter tilsettes en merket oligonukleotidgrunning til blandingen sammen med de nødvendige ingrediensene for å syntetisere cDNA av en spesifikk RNA-sekvens. Primer glødes med den komplementære sekvensen fra blandingen. Ved å bruke primer glødet sekvens som mal,enzymet revers transkriptase syntetiserer det komplementære DNA (cDNA) av RNA-sekvensen. Primer annealing og revers transkripsjon forekommer bare når den spesifikke RNA-sekvensen er til stede i prøven. Til slutt, når denaturerende gelelektroforese utføres, kan størrelsen på RNA-sekvensen bestemmes. Det er også lett å finne +1-basen til mRNA-sekvensen (transkripsjonsinitieringssted) ved primerforlengelsesmetoden. Mengden mRNA som er tilstede i prøven, kan kvantifiseres ved hjelp av denne metoden hvis det brukes overflødig primer. Det er også lett å finne +1-basen til mRNA-sekvensen (transkripsjonsinitieringssted) ved primerforlengelsesmetoden. Mengden mRNA som er tilstede i prøven, kan kvantifiseres ved hjelp av denne metoden hvis det brukes overflødig primer. Det er også lett å finne +1-basen til mRNA-sekvensen (transkripsjonsinitieringssted) ved primerforlengelsesmetoden. Mengden mRNA som er tilstede i prøven, kan kvantifiseres ved hjelp av denne metoden hvis det brukes overflødig primer.
Figur 02: Primerforlengelse
Hva er forskjellen mellom Nick Translation og Primer Extension?
Diff Article Middle before Table
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick-oversettelse er en prosess som skaper merkede DNA-prober for forskjellige hybridiseringsreaksjoner. | Primerforlengelse er en teknikk som brukes til å finne spesifikk RNA eller for å studere genuttrykk. |
| Enzymer brukt | |
| DNase 1 og DNA polymerase enzymer brukes. | Omvendt transkriptaseenzym brukes. |
| Betydning | |
| Nick-oversettelse letter merkingen av spesifikk DNA-sekvens. | Primer-utvidelse muliggjør påvisning av spesifikk mRNA-sekvensstørrelse og mengden som er tilstede i prøven. |
Sammendrag - Nick Translation vs Primer Extension
Nick oversettelse er en metode som brukes til å syntetisere merkede prober basert på aktivitetene til DNase 1 og E coli DNA polymerase 1 enzymer. Det er en in vitro-metode som brukes i laboratoriene før forskjellige hybridiseringsteknikker. Under nick-translasjonen fjerner 5'-3 'exonukleaseaktivitet av DNA-polymerase 1 nukleotider foran nick og polymerase-aktiviteten til DNA-polymerase 1 erstatter de fjernede nukleotidene med merkede nukleotider bak nicket. Primer-utvidelse er en metode som brukes til å oppdage et spesifikt RNA-transkript fra en blanding og kvantifisere størrelsen og mengden av interesse-RNA. Dette er forskjellen mellom nick-oversettelse og primer-utvidelse.
