Hovedforskjellen mellom maltose og isomaltose er at maltosen har to glukosenheter forbundet med hverandre via en alfa 1-4 binding, mens isomaltosen har to glukosenheter forbundet med hverandre via en alfa 1-6 binding.
Maltose er et disakkarid. Det betyr at den har to sukkerenheter knyttet til hverandre. Når det gjelder maltose og isomaltose, er sukkerenheten et glukosemolekyl. Derfor skiller disse to formene for disakkarider seg fra hverandre i henhold til den kjemiske bindingen mellom de to glukosenhetene. Imidlertid reduserer begge disse sukkerformene sukker.
