Hovedforskjellen mellom metafase 1 og 2 er at i metafase 1 pares homologe kromosomer sammen ved metafaseplaten, mens i metafase 2 er enkle kromosomer i linje med metafaseplaten.
Meiose er prosessen som omdanner en diploid celle til fire haploide celler under gametedannelsen. Det er en viktig prosess siden den øker det genetiske mangfoldet blant avkomene. Meiose er viktig i seksuell reproduksjon på grunn av dets betydning for dannelse av haploide celler. Meiose skjer via to påfølgende kjernefysiske divisjoner kalt meiose I og meiose II. Hver kjernefysisk divisjon kan deles inn igjen i profase, metafase, anafase og telofase. Derfor er metafase stadium av celledeling der kromosomene arrangeres langs metafaseplaten. Metafase 1 finnes i meiose I mens metafase 2 finnes i meiose II. Metafase 1 og 2 er forskjellige fra hverandre.