Hovedforskjellen mellom nevrotransmittere og hormoner er at nevrotransmittere er de kjemiske budbringere som brukes av nervesystemet for å overføre nerveimpuls over synapsene mens hormoner er de kjemiske budbringere som brukes av det endokrine systemet for å stimulere eller kommunisere med bestemte målceller.
Nervesystemet og det endokrine systemet er veldig viktige organsystemer i kroppen vår som regulerer ulike aktiviteter. Begge systemene er avhengig av frigjøring av spesielle kjemikalier, enten som nevrotransmittere eller som hormoner. Disse nevrotransmittere og hormoner fungerer som kjemiske budbringere og letter nerveimpulsoverføring og regulering av fysiologiske aktiviteter i kroppen vår.