Hovedforskjellen mellom indremedisin og allmennmedisin er at indremedisinen håndterer sykdommer som allmennleger ikke kan behandle på sitt praksisnivå, mens allmennmedisinen behandler mindre sykdommer, identifiserer alvorlige sykdommer og henviser pasientene til spesialiserte sentre for videre behandling.
Allmennmedisin er et populært underavsnitt av medisin som behandler de daglige og vanligvis ikke-alvorlige problemene til pasientene, mens det om nødvendig henvises til spesialiserte avdelinger. Indremedisin tar for seg de mer alvorlige plagene som fastleger ikke kan klare på sitt praksisnivå.