Hovedforskjellen mellom medisinsk kjemi og farmasøytisk kjemi er at medisinsk kjemi omhandler design, optimalisering og utvikling av nye kjemiske forbindelser for å bruke dem som medisiner, mens farmasøytisk kjemi omhandler studiet av legemidler og deres utvikling.
Både medisinsk kjemi og farmasøytisk kjemi omhandler medisiner eller medisiner som vi bruker til å behandle forskjellige sykdommer. Begge disse feltene diskuterer design og utvikling av medisiner med svært små forskjeller. En slik forskjell er at medisinsk kjemi studerer ikke bare medisiner, men også virkningsmekanismene til disse stoffene i kroppen vår.
