Hovedforskjell - SDS-side vs opprinnelig side
SDS og native side er to typer polyakrylamidgelelektroforeseteknikker brukt i molekylærbiologi. Hovedforskjellen mellom SDS Page og Native Page er typen polyakrylamidgel som brukes. I SDS-side brukes derfor en denatureringsgel, molekyler skilles ut basert på deres molekylvekt. I motsetning, i Native Page, brukes ikke-denaturerende geler. Derfor skilles molekylene ut fra størrelse, ladning og form.
Polyakrylamidgelelektroforese (side) bruker en gel laget ved å polymerisere akrylamidmonomerer med metylenbisakrylamid. Polyakrylamidet er tøffere og mer varmestabilt enn agarose. Polyakrylamidgelene har en mindre porestørrelse som muliggjør effektiv separasjon av proteiner. Det er to hovedtyper av sideoppsett, nemlig SDS Page og Native Page. SDS-side eller natrium-dodecylsulfat Polyakrylamidgelelektroforese skiller proteiner basert på deres molekylvekt. Denaturerende geler brukes i SDS-siden. Native Page bruker ikke-denaturerende geler og skiller proteiner basert på størrelse, ladning og form (3D-konformasjon).
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er SDS-side
3. Hva er opprinnelig side
4. Likheter mellom SDS-side og opprinnelig side
5. Sammenligning side om side - SDS-side mot opprinnelig side i tabellform
6. Oppsummering
Hva er SDS-siden?
SDS Page er den vanligste elektroforetiske teknikken som brukes til å skille proteiner basert på deres molekylvekt. Gelen er laget ved å tilsette SDS (Sodium dodecyl sulfate), som er et vaskemiddel. SDS proteserer proteiner til monomerer. SDS er et anionisk vaskemiddel. Derfor tilfører det en netto negativ ladning til proteinene innenfor et bredt pH-område. Når den netto negative ladningen formidles til proteinmolekylene, på grunn av ladningsvariasjonen, brytes de komplekse strukturene ned. På grunn av den negative ladningen tiltrekker proteiner seg mot den positive enden. Molekyler med lavere molekylvekt vandrer således raskere på gelmatrisen og kan observeres nær anoden, mens proteiner med høyere molekylvekt observeres nærmere brønnene.
Figur 01: SDS-side
SDS-bindingen til polypeptidkjeden er proporsjonal med dens relative molekylvekt. Derfor kan molekylmassen også bestemmes via SDS Page. Farging av SDS Page-gelene gjøres ved bromfenolblått farging. Anvendelser av SDS-sider varierer i større grad der det kan brukes til å estimere den relative molekylmassen og for å bestemme den relative overflod av proteiner i en proteinblanding. SDS Page kan også brukes til å bestemme proteindistribusjonen i en blanding av proteiner. SDS Page brukes også for å rense og vurdere proteiner. Det brukes som en foreløpig prosedyre for western blotting og hybridisering, som igjen brukes til proteinkartlegging og identifikasjon.
Hva er opprinnelig side?
Native Polyacrylamide gelelektroforese (Native Page) bruker en ikke-denaturerende gel. Derfor blir ikke SDS eller noe annet denatureringsmiddel tilsatt gelmatrisen. I Native Page er separasjonen av proteiner basert på ladningen og størrelsen på proteinet. Derfor avhenger proteinets mobilitet av ladningen og størrelsen på proteinet.
Ladningen av proteinet avhenger av sidekjedene til aminosyrene. Hvis sidekjedene er negativt ladet, vil proteinet få en total negativ ladning og omvendt. Proteiner beholder en 3D-konformasjon på grunn av foldingen som finner sted. Brettingsresultater fra flere bindingstyper i proteiner som disulfidbindinger, hydrofobe interaksjoner og hydrogenbindinger. Derfor, hvis den opprinnelige siden bæres ved en nøytral pH, vil proteinene skilles fra i henhold til proteinets molekylære form. Derfor kan Native Page brukes som en sensitiv teknikk for å oppdage endringen i ladning eller konformasjon av proteinet.
Den viktigste fordelen med native Page er at proteinet som brukes til sideanalysen kan gjenvinnes i sin opprinnelige tilstand etter sideanalysen, ettersom proteinet ikke forstyrres under prosessen. Native Page er en relativt høy gjennomstrømningsteknikk, og stabiliteten til proteinet økes.
Figur 02: Innfødt side
Når gelkjøringen er fullført, kan Native Page-gelen sees ved farging med bromfenolblått eller et hvilket som helst annet passende fargingsreagens. Anvendelsene av Native Page inkluderer separasjon av sure proteiner inkludert glykoproteiner som humant rekombinant erytropoietin eller identifikasjon av proteiner som er tilstede i Bovine Serum Albumin (BSA).
Hva er likhetene mellom SDS-siden og den opprinnelige siden?
- Både SDS Page og Native Page-systemer bruker polyakrylamidgel som matrisen til gelen.
- Begge brukes til separasjon og identifisering av proteiner.
- Begge bruker elektroforetisk mobilitet for å skille forbindelsene.
- Begge kan gjøres vertikalt eller horisontalt (for det meste som vertikale sideoppsett fordi løpetiden er mer).
- Elektroforeseapparatet inkludert gel-tank, kammer, strømforsyningen er nødvendig for drift av begge teknikker.
- Visualiseringen av gelen kan gjøres ved fargemetoder i begge teknikker.
Hva er forskjellen mellom SDS-siden og den opprinnelige siden?
Diff Article Midt før tabell
SDS-side mot innfødt side |
|
| SDS Page eller Sodium-dodecyl sulfate Page skiller proteiner basert på molekylvekt, og den bruker en denaturerende gel. | Native Page bruker ikke-denaturerende geler og skiller proteiner basert på størrelse, ladning og form (3D-konformasjon). |
| Type gel | |
| En denatureringsgel brukes på SDS-side. | En ikke-denaturerende gel brukes på den opprinnelige siden. |
| Tilstedeværelse av SDS | |
| SDS er tilstede som et vaskemiddel for å gi en negativ ladning på prøven i SDS-siden. | SDS er ikke til stede på den opprinnelige siden. |
| Separasjonsgrunnlag | |
| Separasjon av proteiner avhenger av molekylvekten til proteinet på SDS-siden. | Separasjon avhenger av størrelsen og formen på proteinmolekylet på den opprinnelige siden. |
| Stabiliteten til proteinet | |
| Stabiliteten til proteinet er lav på SDS-siden. | Stabiliteten til protein er høy på den opprinnelige siden. |
| Gjenoppretting av det originale proteinet | |
| Ikke mulig da det er denaturert på SDS-siden. | Mulig på den opprinnelige siden. |
Sammendrag - SDS-side vs innfødt side
SDS Page og Native Page er to typer polyakrylamidgelelektroforeseteknikker som brukes til å skille proteiner. SDS Page behandles med et vaskemiddel kalt SDS. SDS gir en total negativ ladning på proteinet, som deretter resulterer i denaturering av proteinet. Derfor skilles proteinene ut fra deres molekylvekt. I motsetning til dette bruker ikke Native Page-teknikken noe denatureringsmiddel. Dermed skilles proteinene enten ut fra størrelse eller form. Dette er forskjellen mellom SDS-siden og den opprinnelige siden.
