Nøkkelforskjell - Proteomics vs Transcriptomics
Den omiske teknologien er en nåværende trend, der man ser på de forskjellige biomolekylene i en organisme som en hel samling med hensyn til dens egenskaper og funksjoner. Omic-teknologien har et bredt spekter av applikasjoner. De forskjellige omics i en biologisk prøve inkluderer genomics, proteomics, transcriptomics og metabolomics. Proteomics innebærer en fullstendig studie av alle proteiner i en levende organisme. Det er definert som settet med alle uttrykte proteiner i en organisme, dets strukturelle og funksjonelle egenskaper. Det komplette settet med proteiner danner derfor proteomet. Transcriptomics er den komplette studien av alle messenger RNA (mRNA) molekylene som er tilstede i en levende organisme. Dermed håndterer transkriptomikk gener som uttrykkes aktivt i en levende organisme. Det totale settet av mRNA i en levende organisme blir referert til som transkriptomet. Hovedforskjellen mellom Proteomics og Transcriptomics er basert på typen biomolekyl. I proteomikk studeres det totale settet av uttrykte proteiner i en levende organisme, mens i transkriptomikk studeres det totale mRNA for en levende organisme.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er Proteomics
3. Hva er Transcriptomics
4. Likheter mellom Proteomics og Transcriptomics
5. Sammenligning side om side - Proteomics vs Transcriptomics i tabellform
6. Sammendrag
Hva er Proteomics?
Begrepet proteomics ble laget i 1995 og ble opprinnelig definert som det totale proteinkomplementet i en celle, vev eller en organisme. Med fremgangen i proteomiske studier ble den deretter modifisert for å bli betraktet som et paraplybegrep der mange studieretninger ble inkludert. For tiden studeres strukturen, orienteringen, funksjonene, interaksjonene, modifikasjonene, applikasjonene og viktigheten av proteiner under temaet proteomikk. Derfor blir det for tiden utført mye forskning innen proteomikk.
De første proteomiske studiene ble gjort for å identifisere proteininnholdet i Escherichia coli. Kartleggingen av det totale proteininnholdet ble gjort ved bruk av todimensjonale (2D) geler. Etter at dette hadde lykkes, gikk forskerne videre til å karakterisere det totale proteininnholdet i dyr som marsvin og mus. For tiden gjøres humant proteinkartlegging ved bruk av 2D gelelektroforese.
Anvendelser av Proteomics
Det er mange fordeler med å studere proteomikk, ettersom proteiner er de styrende molekylene for det meste av aktiviteten på grunn av proteinkatalysatoregenskapene. Dermed kan studiet av hele proteiner gi informasjon om helsestatusen til en organisme. Noen applikasjoner er;
- Genomkommentar: Ved å studere proteininnholdet i en organisme, kan de eksakte genomene som er ansvarlige for den aktive proteinforbindelsen bestemmes. I dette scenariet er resultater fra all genomikk, Transcriptomics og proteomics viktige.
- Sykdomsidentifikasjon / diagnostikk: Proteomikk brukes til å identifisere sykdomstilstanden, ved å sammenligne de friske og syke
- Å utføre proteinuttrykk studert under eksperimentering.
- Proteinmodifikasjoner og interaksjonsstudier: For å bruke proteiner in vitro-forhold eller og in vivo-forhold, bestemme lagringsforholdene for disse ekstraherte proteinene og å studere proteinets oppførsel in vitro-, in vivo- og in-silico-metoder.
Figur 01: Proteomikk
Det er forskjellige teknikker involvert i proteomikk
- Ekstraksjon av det totale proteinet og separering av proteinene ved bruk av 2D gelelektroforese. Proteiner kan også skilles fra ved hjelp av HPLC (High-Performance Liquid Chromatography).
- Sekvensering av ekstraherte proteiner ved hjelp av metoder som Edmunds sekvenseringsmetode eller massespektrometri.
- Når sekvensene er identifisert, blir strukturelle og funksjonelle egenskaper av proteininnholdet analysert ved hjelp av databasert programvare og bioinformatikkverktøy.
Hva er Transcriptomics?
Transkripsjonsbegrepet er laget en nylig. Transcriptomics er studiet av det totale mRNA-innholdet i en organisme. Det totale mRNA er det uttrykte DNA i en levende organisme eller en celle. Den komplette samlingen av mRNA blir referert til som et transkriptom.
Trinnene mot å analysere transkriptomet inkluderer,
- Ekstraksjon av RNA, separasjon av mRNA ved bruk av kolonnegelkromatografi med poly-DT-perler.
- Sekvenseringen av mRNA er gjort.
Microarray-teknologi er en vanlig måte å identifisere transkriptomet til en organisme. Microarray-teknikken innebærer en probe-plate med de komplementære strengene av transkriptomet. Ved hybridisering kan mRNA som er tilstede i organismen eller cellene karakteriseres.
Figur 02: Transkriptomiske teknikker
Transcriptomics er nå mye brukt i det medisinske feltet. Sykdomsdiagnostikk og sykdomsprofilering er hovedfelt der Transcriptomics brukes. Ved å analysere et transkriptom av en organisme kan fremmed mRNA identifiseres, og hvis det er infeksjoner, kan det identifiseres. Det ikke-kodende RNA kan separeres ved hjelp av transkriptomiske teknologier. Og også uttrykk for gener under forskjellige miljøbelastninger kan overvåkes.
Hva er likhetene mellom Proteomics og Transcriptomics?
- Begge deler er en del av begrepet omisk teknologi.
- Begge brukes i sykdomsdiagnostikk og sykdomskarakterisering av en organisme.
- Begge studieområdene involverte utvinning av biomolekylen, separasjon av biomolekylen og sekvenseringstrinn.
Hva er forskjellen mellom Proteomics og Transcriptomics?
Diff Article Midt før tabell
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomics innebærer en fullstendig studie av alle proteiner i en levende organisme. | Transcriptomics er den komplette studien av alle messenger RNA (mRNA) molekylene som er tilstede i en levende organisme. |
| Studerte biomolekyltype | |
| Proteiner studeres i proteomikk. | mRNA studeres i transkriptomikk. |
| Faktorer studert | |
| Struktur, funksjon, interaksjoner, modifikasjoner og anvendelser av proteinene studeres i proteomikk. | Sekvensstruktur, interaksjoner med miljø og anvendelser av mRNA studeres i transkriptomikk. |
Sammendrag - Proteomics vs Transcriptomics
Omics spiller en viktig rolle innen biovitenskap. Proteomics refererer til studiet av proteomet som danner de komplette samlingene av proteiner i en celle eller en organisme. Transcriptomics refererer til studiet av transkriptomet, som er det komplette settet av uttrykt DNA som er i form av mRNA. De to studieområdene, proteomikk og transkriptomikk, ble avledet etter innføring av genomikk og brukes for tiden mye i medisinsk diagnostikk og i karakterisering og screening av organismer. Dette er forskjellen mellom proteomikk og transkriptomikk.
Last ned PDF-filen til Proteomics vs Transcriptomics
Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til frakoblede formål som angitt i en henvisning. Last ned PDF-versjonen her: Forskjellen mellom Proteomics og Transcriptomics
