Hovedforskjellen mellom fordøyelse av proteiner i mage og tynntarm er at fordøyelsen av proteiner i magen foregår av pepsin og saltsyre, mens proteinfordøyelsen i tynntarmen foregår av trypsin og chymotrypsin utskilt av bukspyttkjertelen.
Mat som vi spiser er utsatt for kjemisk og mekanisk fordøyelse i fordøyelsessystemet. Når maten er fordøyd, absorberes næringsstoffene i blodet vårt gjennom tynntarmen. Proteinfordøyelse foregår i to trinn: i magen og i første del av tynntarmen (tolvfingertarmen) ved proteaser. I magen bryter pepsin proteiner ned i aminosyrer og oligopeptider. Videre fordøyelse av oligopeptider i aminosyrer, dipeptider og tripeptider finner sted i tynntarmen av bukspyttkjertelenzymer.