Hovedforskjellen mellom fordøyelse i mage og fordøyelse i tarmen er typen fordøyelse som finner sted. I magen foregår både kjemisk og mekanisk fordøyelse av matvarer, mens det bare er kjemisk fordøyelse i tarmen.
Fordøyelse er prosessen der dyr absorberer næringsstoffer etter inntak av mat. Fordøyelsen involverer både kjemiske og mekaniske prosesser. Fordøyelsessystemet til organismer på høyere nivå som mennesker består av forskjellige organer. Hvert av disse organene har en viktig rolle å spille i fordøyelsesprosessen. Fordøyelse i magen refererer til både kjemisk og mekanisk fordøyelse av mat som foregår i underlivet eller magen. Fordøyelse i tarmen refererer til kjemiske fordøyelsesprosesser som finner sted i tynntarmen. Etter fordøyelsen absorberes nedbrytningsproduktene også i tynntarmen i blodet.