Hovedforskjellen mellom metabolisme og fordøyelse er at metabolismen er det komplette settet med biokjemiske reaksjoner som foregår i en organisme mens fordøyelsen er nedbrytningen av store uoppløselige matmolekyler i små molekyler som kan absorberes i blodet.
Både metabolisme og fordøyelse er viktige prosesser som forekommer i levende organismer. Som nevnt ovenfor refererer metabolisme til hele settet med kjemiske og fysiologiske reaksjoner som forekommer i en levende organisme, inkludert dyr og planter. Fordøyelsen, som er nedbrytningen av mat, er også en del av stoffskiftet.
