Hovedforskjellen mellom fordøyelse av heterotrofer og saprotrofer er at fordøyelsen av heterotrofer er intracellulær mens fordøyelsen av saprotrofer er ekstracellulær.
Fordøyelse er en viktig prosess for organismenes overlevelse. Gjennom denne prosessen blir næringsstoffer tilgjengelig for absorpsjon av organismer. Heterotrof fordøyelse er prosessen med intracellulær fordøyelse i organismer, som er avhengig av organisk mat. Saprotrofisk fordøyelse er prosessen med ekstracellulær fordøyelse der organismer er avhengige av dødt organisk materiale. Både fordøyelse av heterotrofer og saprotrofer er viktig for overlevelsen av biosfæren. Heterotrofer er avhengige av organisk materiale fra planter og andre dyrekilder. På den annen side er saprotrofer direkte avhengige av dødt organisk materiale for ernæring. Derfor hjelper det å lære disse fordøyelsesmønstrene å studere ernæringsmessige forhold i organismer.
