Hovedforskjellen mellom kromatofokusering og isoelektrisk fokusering er at kromatofokusering er en type kolonnekromatografimetode som benytter ionebytterharpikser mens isoelektrisk fokusering er en type elektroforeseteknikk som bruker immobiliserte pH-gradientgeler.
Kromatofokusering og isoelektrisk fokusering er to teknikker som skiller proteiner i henhold til deres isoelektriske punkter. Både kromatofokusering og isoelektrisk fokusering har stor oppløsningsevne. Kromatofokusering er en høyoppløselig kolonnekromatografimetode mens isoelektrisk fokusering er en elektroforetisk separasjonsmetode. Videre bruker ikke kromatofokus et elektrisk felt mens isoelektrisk fokusering trenger et elektrisk felt.
