Hovedforskjellen mellom stabiliserende og balanserende utvalg er at stabiliserende utvalg er en type naturlig utvalg som favoriserer gjennomsnittlige fenotyper i en populasjon mens balanserende utvalg er vedlikehold av flere alleler av et gen i en populasjon for å forbedre genetisk mangfold.
Stabiliserende utvalg er en type naturlig utvalg som gjelder et fenotypisk trekk. Det favoriserer gjennomsnittlige fenotyper i en befolkning. Derfor eliminerer det begge typer ekstreme fenotyper. Til syvende og sist gjør det en jevn befolkning. Balansering av utvalg er flere selektive prosesser som opprettholder fordelaktig genetisk mangfold i en populasjon ved å opprettholde flere gener av et gen. Derfor gjelder det et genlokus.