Hovedforskjellen mellom hnRNA og mRNA er at hnRNA er ubehandlet for tidlig mRNA-transkripsjon som inneholder introner mens mRNA er det behandlede RNA som ikke inneholder introner.
Det er forskjellige typer RNA, og hnRNA og mRNA er to typer av dem. Heterogent nukleart RNA, også kjent som pre-mRNA, er en type primær transkripsjon produsert inne i kjernen. Når pre-mRNA er laget, blir det transkripsjonsmessig behandlet til funksjonell mRNA, som kan oversettes til et protein i cytoplasmaet. Derfor blir hnRNA syntetisert fra en DNA-mal, og det er et nydannet RNA før behandlingen. mRNA er RNA-sekvensen som bærer den genetiske informasjonen for å produsere et protein. Det er en form for RNA etter prosessering. Videre fører mRNA genetiske kodoner fra DNA i kjernen til ribosomene for proteinsyntese.
