Hovedforskjellen mellom bakterioklorofyll og klorofyll er at de anoksygene fototrofer, som lilla bakterier, heliobakterier og grønne svovelbakterier, etc. har bakterioklorofyller, mens oksygeniske fototrofer som grønne planter, alger og cyanobakterier har klorofyll.
Det er to typer fotosyntese; oksygenisk fotosyntese og anoksygene fotosyntese. Det er også to typer fotosyntetiske pigmenter som klorofyll og bakterioklorofyll. Oksygeniske fototrofer har klorofyll mens anoksygene fototrofer har bakterioklorofyll. Bakterioklorofyll og klorofyll er like i den generelle strukturen. Men de er forskjellige i erstatningene rundt ringen og i lengden og erstatningene på fytolhalen. Det er fire typer klorofyller, mens det er syv typer bakterioklorofyller.
