Hovedforskjellen mellom cytokrom og fytokrom er at cytokrom er et elektronoverføringshemprotein involvert i aerob respirasjon. I mellomtiden er fytokrom et fotoreseptorprotein som er følsomt for rødt og langt rødt lys fra det synlige spekteret.
Levende organismer har forskjellige typer pigmenter. Noen er lysabsorberende pigmenter, mens noen er pigmenter i luftveiene. Cytochrome er et metalloprotein som fungerer som en elektronbærer i aerob respirasjon. I mellomtiden er fytokrom en fotoreseptor som absorberer rødt og langt rødt lys fra det synlige spekteret. Sammenlignet med cytokrom er fytokromer viktige i mange aspekter av planteutviklingen.