Hovedforskjellen mellom hemocyanin og hemoglobin er at hemocyanin er et kobberholdig ekstracellulært respiratorisk pigment som er tilstede i noe virvelløse blod, mens hemoglobin er et jernholdig intracellulært respiratorisk pigment som er tilstede i virveldyrblod.
I aerobe organismer skjer gassutveksling gjennom metalloproteinene som er tilstede i blodet. Derfor er hemocyanin og hemoglobin to metalloproteiner som letter gassutveksling i henholdsvis hvirvelløse dyr og virveldyr. Hemocyanin er et kobberholdig respirasjonspigment som finnes suspendert i hemolymfen til virvelløse dyr. I kontrast er hemoglobin et jernholdig luftveispigment som er bundet til de røde blodcellene hos virveldyr. Den oksygenerte formen av hemocyanin har blå farge. Men den oksygenholdige formen av hemoglobin er knallrød i fargen.
