Hovedforskjellen mellom protomerer og capsomerer er at protomerer er strukturelle enheter av oligomere proteiner mens capsomerer er individuelle proteiner sammensatt av protomerer, som er strukturelle underenheter av viral kapsid.
Et virus er en intracellulær obligatorisk parasitt, som er en smittsom partikkel. Kapsiden er en av de to hovedkomponentene i en viruspartikkel. Det er et proteinbelegg som omgir og beskytter virusgenomet. En kapsid består av protomerer, som er strukturelle enheter av oligomere proteiner. Capsomere er en strukturell underenhet av viral kapsid, og det er en aggregering av flere protomerer som en enhet. Dermed monteres protomerer selv for å danne en capsomere og capsomeres selvmonteres for å danne et kapsid.
