Hovedforskjellen mellom melatonin og serotonin er at melatonin er et hormon som hjelper oss til å sovne mens serotonin er en nevrotransmitter som hjelper oss til å føle oss våkne når vi står opp neste dag.
Melatonin er et nevrotransmitterlignende stoff. Det er et hormon som øker i mørket. Serotonin er en nevrotransmitter som fungerer motsatt av melatonin. Serotoninnivået øker i sollys. Både melatonin og serotonin regulerer ulike funksjoner i kroppen vår, som appetitt, humør og søvn. Kort fortalt er melatonin stoffet som hjelper oss til å sovne mens serotonin er stoffet som hjelper oss til å føle oss våken neste morgen.