Hovedforskjellen mellom melanin og melatonin er at melanin er et av de viktigste pigmentene som finnes i menneskelig hud, hår og øye, mens melatonin er et hormon som produseres av pinealkjertelen og spiller en rolle i søvnighet og i reguleringen av søvnvåken syklus.
Melanin og melatonin er to kjemisk relaterte stoffer, men med mange forskjellige karakteristiske trekk. Deres opprinnelse, funksjon, kjemiske sammensetning og plassering i menneskekroppen varierer mye. Derfor forsøker denne artikkelen å diskutere forskjellen mellom melanin og melatonin.