Hovedforskjellen mellom ectomycorrhizae og endomycorrhizae er at sopphyferne ikke trenger inn i kortikale celler av planterøttene i ectomycorrhizae mens sopphyferne trenger inn i kortikale celler av planterøttene i endomycorrhizae.
Mycorrhizae er et viktig symbiotisk forhold som oppstår mellom sopp og røtter fra høyere planter. Både sopp og planter får fordeler fra denne foreningen. Sopphypa trenger inn i jorden og gir næringsstoffer til plantene mens planter også gir fordeler for soppene. Derfor er det et økologisk viktig forhold. Viktigst, sopphyfer kan vokse flere meter og transportere vann og næringsstoffer, spesielt nitrogen, fosfor, kalium til røttene. Videre beskytter mycorrhizal-foreningen planten mot rotpatogener. Derfor er det mindre sannsynlig at symptomer på næringsstoffmangel forekommer i planter som er i disse symbiotiske assosiasjonene. Det er to typer mycorrhizae som ectomycorrhizae og endomycorrhizae.
