Hovedforskjellen mellom kromatin og kromosomer er at kromatin er utrettet og utfoldet DNA som eksisterer som et kompleks av DNA og histonproteiner mens kromosomer inneholder den høyeste kondenserte strukturen i DNA-dobbeltspiralen for riktig separasjon av genetisk materiale mellom datterceller.
Kromatin og kromosom er to kategorier strukturer av den dobbelte helix av DNA som er til stede i forskjellige stadier av cellen. Det er viktig å pakke hele DNA som lagrer genetisk informasjon i cellen i den eukaryote kjernen for eksistens. Derfor er kromatin den vanlige formen for pakket DNA i cellen. På den annen side er kromosomer de viktigste strukturene i cellen under celledeling, og de inneholder genetisk materiale i form av DNA. Dette er fordi de er ansvarlige for overføring av arvelig informasjon fra en generasjon til den neste. Det er to typer kromosomer som autosomer og kjønnskromosomer. Kjønnskromosomer er viktige i kjønnsbestemmelse mens autosomer bestemmer de andre egenskapene. Generelt vises kromosomer under metafase av celledeling.
