Hovedforskjellen mellom homologe og homeologe kromosomer er at homologe kromosomer er kromosomer med felles forfedre, mens homeologe kromosomer er kromosomer som har en tvetydig natur og er delvis homologe.
Kromosomer er strukturelle komponenter som bærer genetisk informasjon om en organisme. Kjernefysisk materiale i eukaryoter er ordnet for å danne kromosomer, som er kompakte strukturer av nukleinsyrer og proteiner. Videre er det forskjellige typer kromosomer basert på måten de gjennomgår celledeling på. Homologe og homeologe kromosomer er to typer kromosomer som spiller en viktig rolle innen genetikk.