Hovedforskjellen mellom homologe strukturer og vestigiale strukturer er at homologe strukturer er de anatomisk like strukturene som finnes i forskjellige organismer som deler en felles forfedre, mens vestigiale strukturer er de anatomiske strukturene som har mistet sin nytte for en organisme.
Homologe strukturer er vestigiale strukturer er to typer anatomiske strukturer som er evolusjonære viktige. Homologe strukturer er lignende strukturer som finnes i forskjellige organismer som kommer fra en felles forfader. I motsetning er vestigialstrukturer strukturer som ikke lenger er nyttige for organismer og har redusert størrelse.