Hovedforskjellen mellom fotosystem 1 og fotosystem 2 er at fotosystemet 1 har et reaksjonssenter som består av klorofyll, et molekyl av P700 som absorberer lys ved en bølgelengde på 700 nm. På den annen side har fotosystemet II et reaksjonssenter som består av klorofyll, et molekyl av P680 som absorberer lys ved en bølgelengde på 680 nm.
Fotosystemer er en samling av klorofyllmolekyler, tilbehørspigmentmolekyler, proteiner og små organiske forbindelser. Det er to viktigste fotosystemer; fotosystem I (PS I) og fotosystem II (PS II), til stede i kloroplastens tylakoidmembraner i planter. Begge utfører lysreaksjonen fra fotosyntese. Følgelig trenger planter i hovedsak begge disse fotosystemene. Det er fordi strippingselektronene fra vann krever mer energi enn det lysaktiverte fotosystemet jeg kan levere. Følgelig kan fotosystem II absorbere kortere bølgelengde (høyere energi) lys og koblinger sammen med PS I, noe som muliggjør ikke-syklisk elektronstrøm.
