Hovedforskjellen mellom allogen og autolog transplantasjon avhenger av kilden til stamcellene for transplantasjon. Allogen transplantasjon bruker nye stamceller fra en annen giver, mens autolog transplantasjon bruker pasientens egne stamceller.
Stamceller er udifferensierte celler som kan dele seg og differensiere i forskjellige andre typer celler. Derfor har disse cellene evnen til selvfornyelse. Derfor er de grunnlaget for våre organer og vev. Videre fungerer de som et reparasjonssystem for kroppen vår. Siden stamcellene er i stand til å produsere flere datterceller av samme type eller skille seg ut i bestemte celletyper, brukes de i stamcelleterapier for å erstatte funksjonsfeil eller syke vev med sunt vev. Stamcellebehandling kan være enten allogen eller autolog. Det avhenger av de nye stamcellene som brukes til å erstatte vevet under transplantasjon. I stamcelleterapi, hvis stamcellene som brukes er pasientens egne, er det kjent som en autolog transplantasjon. Men hvis det er fra en annen giver, kalles det allogen transplantasjon.
