Hovedforskjellen mellom autolog og allogen stamcelletransplantasjon er at ved autolog stamcelletransplantasjon brukes egne celler i transplantasjon, mens i allogen stamcelletransplantasjon blir en donor matchet før transplantasjon og deretter administrert.
Stamcelletransplantasjon er en teknikk som hovedsakelig brukes i behandling av kreft. Ved stamcelletransplantasjon administreres stamcellene med passende avanserte egenskaper slik at de utvikler seg til immunologiske celler som er i stand til å ødelegge kreftceller. Den andre funksjonen er å beskytte de ikke-ondartede cellene i kroppen. Autolog og allogen stamcelletransplantasjon er to typer stamcelletransplantasjonsteknikker. Autolog stamcelletransplantasjon benytter egne stamceller til transplantasjonen, mens allogen stamcelletransplantasjon bruker stamceller fra en matchet giver.