Hovedforskjellen mellom molekylær orbitalteori og hybridiseringsteori er at molekylær orbitalteori beskriver dannelsen av bindings- og anti-bindingsorbitaler, mens hybridiseringsteori beskriver dannelsen av hybridorbitaler.
Det er forskjellige teorier utviklet for å bestemme molekylers elektroniske og orbitale strukturer. VSEPR-teori, Lewis-teori, valensbindingsteori, hybridiseringsteori og molekylær orbitalteori er slike viktige teorier. Den mest akseptable teorien blant dem er molekylær orbitalteori.
