Hovedforskjellen mellom plasmid og kromosom er at plasmidet er en sirkulær dobbeltstrenget ekstra-kromosomal DNA-struktur av bakterier mens kromosomet er en velorganisert trådlignende struktur som inneholder genomisk DNA tett kveilet med proteiner.
Bakteriecellen inneholder et kromosom og flere ekstra-kromosomale DNA-sirkler kalt plasmider. Bakterielt kromosom inneholder genomisk DNA fra bakterier. Videre eksisterer eukaryotisk genomisk DNA også som kromosomer. Det menneskelige genomet har 46 kromosomer. Generelt er plasmider til stede i bakterier og arkeaer. Selv om bakterier har plasmider, inneholder plasmider ikke gener som er essensielle for bakteriens overlevelse og deres viktigste funksjoner. Imidlertid inneholder plasmider flere gener som gir ytterligere fordeler til bakterier som antibiotikaresistens, tørketoleranse, herbicidresistens osv. Formålet med denne artikkelen er å diskutere forskjellen mellom plasmid og kromosom i detalj.