Hovedforskjellen mellom nefridia og malpighian tubuli avhenger av deres forekomst i organismer. Nefridia er tilstede i nedre organismer som ormer og bløtdyr mens malpighian tubuli er til stede i de bakre områdene av insekter og terrestriske leddyr.
Ekskresjon er et viktig aspekt av levende organismer. Metaboliske veier genererer forskjellige utskillelsesprodukter som biprodukter. Imidlertid er opphopning av avfall i et levende kroppssystem giftig og skadelig. Derfor er tilstedeværelsen av en mekanisme for å fjerne metabolsk avfall fra kroppen gjennom et system for utskillelse et must. Derfor er forskjellige typer ekskresjonsorganer til stede i forskjellige grupper av organismer. Nefridia og malpighian tubuli er to eksempler på slike utskillelsesorganer.
