Hovedforskjellen mellom bioreaktor og fermentor er typen biokjemisk reaksjon som finner sted inne i de lukkede karene. En bioreaktor muliggjør alle typer biokjemiske reaksjoner, men en fermentor letter bare gjæring.
Anvendelsen av bioteknologi i bransjen er et interessant vitenskapsområde. Disse applikasjonene varierer fra mikrobielle applikasjoner til dyrebasert applikasjon. Videre varierer de industrielle anvendelsene av bioteknologi mellom hovedområder som landbruk, medisin og ulike bransjer. Bioreaktorer er lukkede kar der de nødvendige forholdene er skapt for å legge til rette for forskjellige typer biokjemiske reaksjoner. Fermentorer tilhører gruppen bioreaktorer, men det er spesielt bare å utføre gjæring.
