Hovedforskjellen mellom nukleotid og nukleosid er at nukleotidet inneholder en fosfatgruppe mens nukleosidet mangler en fosfatgruppe.
Nukleosider og nukleotider er en lignende type molekyler som skiller seg ved en liten strukturendring. Både nukleotid og nukleosid er sammensatt av samme to komponenter; et pentosesukker og en nitrogenholdig base. I tillegg har nukleotid en eller flere fosfatgrupper. Derfor, ved å tilsette en fosfatgruppe, kan et nukleosid omdannes til et nukleotid av enzymene som kalles kinase. Nukleotid er byggesteinen til nukleinsyrer. På den annen side er nukleosider gode kreft- og antivirale stoffer.