Hovedforskjellen mellom endogene og eksogene antigener er at det endogene antigenet genereres i cellene mens det eksogene antigenet kommer inn i kroppen utenfra.
Antigen er et molekyl eller et stoff som reagerer på et produkt av en spesifikk immunrespons og stimulerer antistoffgenerering. Antigenisitet til det spesifikke molekylet er et antigens evne til å indusere antistoffproduksjon. Antigener kan også være enten et protein eller et polysakkarid. Videre formidler antigenpresenterende celler (APCer), slik som dendritiske celler, prosessene med antigenopptak, antigenprosessering og antigenpresentasjon. Avhengig av immunaktiviteten, kan antigener dessuten klassifiseres som immunogener, tolerogener eller allergener. Dessuten kan vi også klassifisere antigener i henhold til deres opprinnelse som eksogene eller endogene.
