Hovedforskjellen mellom direkte og indirekte immunfluorescens er at direkte immunfluorescens bruker et enkelt antistoff som virker mot målet av interesse, mens den indirekte immunfluorescensen bruker to antistoffer for å merke målet av interesse.
Immunfluorescens eller cellebilder er en teknikk som brukes til å merke et spesifikt målantigen med en fluorofor. Her er fluoroforen en fluorescerende kjemisk forbindelse som kan gi ut lys igjen ved lyseksitasjon. Når en fluorofor binder seg til målantigenet, tillater det påvisning av målmolekylet i prøven. For å beskrive det videre, når et antigen binder seg med et spesifikt antistoff, kan det konjugeres med fluoroforer. Derfor er det enkelt å oppdage tilstedeværelsen av målantigenet i prøven når man observerer under fluorescensmikroskopet.
Dessuten er det to typer immunfluorescens; direkte og indirekte immunfluorescens. Forskjellen mellom direkte og indirekte immunfluorescens ligger hovedsakelig i antall antistoffer som brukes og fluorofor-konjugering. Det vil si i direkte immunfluorescens, fluoroforen konjugerer direkte med det primære antistoffet mens fluoroforen i indirekte immunfluorescens konjugerer med det sekundære antistoffet.
