Hovedforskjellen mellom cis og transfettsyrer er at cis-fettsyrene har to hydrogenatomer festet til dobbeltbindingen på samme side av karbonkjeden, mens transfettsyrene har de to hydrogenatomene bundet til dobbeltbindingen i motsatt retning. sider av karbonkjeden.
Fettsyrer er karboksylsyrer som inneholder lange alifatiske karbonkjeder som enten er mettede eller umettede. Dette betyr at den alifatiske kjeden kan inneholde dobbeltbindinger mellom karbonatomer eller ikke. Cis og transfettsyrer er to former for umettede fettsyrer.