Hovedforskjellen mellom cis cyclohexane og trans cyclohexane er at cis cyclohexane har substituenter som peker mot samme plan av ringen mens trans cyclohexane har substituenter som peker mot motsatte plan.
Sykloheksan er en cykloalkan der en seksleddet karbonring som finnes i stolkonformasjonen. I stolkonformasjonen har denne forbindelsen den laveste vinkelspenningen; dermed er den mer stabil enn andre mulige konformasjoner. Videre, i denne konformasjonen, er halvparten av hydrogenatomene koblet til karbonatomer i planet av ringen. Vi kaller dette som ekvatoriell posisjonering. Den andre halvdelen er plassert vinkelrett på ringens plan. Vi kaller dette aksial posisjonering. Når det er to eller flere substituenter i cykloheksan, kan vi observere cis og trans-isomerisme ved å observere om substituentene er i ekvatorial posisjon eller aksial posisjon.
