Hovedforskjellen mellom fotosyntese og fotorespirasjon er at fotosyntese er prosessen der fotoautotrofer, hovedsakelig grønne planter, alger og cyanobakterier, genererer karbohydrater og oksygen fra karbondioksid og vann ved å bruke energien i sollys mens fotorespirasjon er en sidereaksjon der enzymet RuBisCO oksygenerer RuBP, noe som fører til at en del av energien som produseres av fotosyntese blir bortkastet.
Fotosyntese og fotorespirasjon er to prosesser som forekommer i planter. Imidlertid er fotosyntese en viktig prosess mens fotorespirasjon er en bortkastet prosess. Noe av energien og det faste karbonet blir bortkastet av lysespirasjonen av enzymet kalt RuBP oksygenase-karboksylase. Derfor kan fotosorespirasjon refereres til som en prosess som reduserer effektiviteten av fotosyntese i planter.
