Hovedforskjellen mellom flussyre og saltsyre er at flussyre er en svak syre, mens saltsyren er en sterk syre. Flussyre er også i stand til å danne hydrogenbindinger mens saltsyren ikke er i stand til å danne hydrogenbindinger.
Videre er en annen viktig forskjell mellom flussyre og saltsyre i deres molekylære struktur. Flussyre-molekylet har et fluorion, mens saltsyremolekylet har et kloridion. Videre er både flussyre og saltsyre protondonorer. Derfor kan disse syremolekylene ionisere i vandige medier som frigjør protoner (H +). Disse protonene forårsaker surheten i det vandige mediet.
