Hovedforskjellen mellom fluorescens og fosforescens er at fluorescens stopper så snart vi tar bort lyskilden, mens fosforescens har en tendens til å bli litt lenger, selv etter at den bestrålende lyskilden er fjernet.
Når et molekyl eller atom absorberer energi, kan det gjennomgå forskjellige endringer. Fluorescens og fosforescens er to slike prosesser. I tillegg til den ovennevnte nøkkelforskjellen, er det noen andre forskjeller mellom de to begrepene, for eksempel at energien som frigjøres i fluorescensprosessen er høyere enn den i fosforescens.