Nøkkelforskjell - Exome vs RNA-sekvensering
Nukleinsyresekvensering er teknikken som bestemmer rekkefølgen av nukleotider i et bestemt DNA-fragment eller en organisme. Sekvensering er viktig for å identifisere DNA- og RNA-sminke av cellen og skille visse gener som koder for funksjonelle proteiner; således kan sekvensering brukes til å forstå mutasjonene til disse genene og genuttrykkene. Sanger Sekvenseringsmetode eller de mer avanserte Neste generasjons sekvenseringsmetoder er sekvenseringsmetodene som ofte brukes. Exome-sekvensering er sekvensering av det komplette settet med exoner eller kodende DNA-regioner som er tilstede i en organisme, mens RNA-sekvensering er sekvenseringsprosedyren for ribonukleinsyrer (RNA). Dette er nøkkelforskjellen mellom exome og RNA-sekvensering.
INNHOLD
1. Oversikt og
nøkkelforskjell 2. Hva er Exome-sekvensering
3. Hva er RNA-sekvensering
4. Likheter mellom Exome og RNA-sekvensering
5. Sammenligning side om side - Exome vs RNA-sekvensering i tabellform
6. Sammendrag
Hva er Exome Sequencing?
Exome er en delmengde av genomet som består av kodingsgenene til en bestemt organisme. Kodende gener er navngitt som eksoner og blir transkribert til mRNA og deretter oversatt til aminosyresekvenser. Under endringer etter transkripsjon fjerner RNA-spleisemekanisme i eukaryoter intronene (ikke-kodende regioner), og eksonene forblir. Det er to hovedteknikker der exome sekvensering gjøres: løsningsbasert og arraybasert.
I løsningsbasert eksomsekvensering blir DNA-prøver fragmentert ved hjelp av enten restriksjonsenzymer eller mekanisk metode og denaturert av varme. I denne teknikken brukes biotinylerte oligonukleotidprober (agn) til å selektivt hybridisere med målregioner i genomet. Magnetiske streptavidinperler brukes til bindingstrinnet. Binding følges av et vasketrinn der de ubundne og ikke-målrettede sekvensene blir vasket bort. De bundne målene blir deretter forsterket ved bruk av Polymerase Chain Reaction (PCR) og deretter sekvensert ved bruk av Sanger-sekvensering eller Next Generation Sequencing-teknikker.
Figur 01: Exome-sekvensering
Arraybasert metode er også lik den løsningsbaserte metoden, bortsett fra at DNA-fragmenter fanges inn i en mikromatrise, og deretter følger bindingen og vasketrinnene før de blir sekvensert.
Exome-sekvensering brukes i mange applikasjoner, for eksempel genetisk diagnose av sykdommer, i genterapi, i identifisering av nye genetiske markører, i landbruket for å identifisere forskjellige fordelaktige agronomiske egenskaper og i planteoppdrett.
Hva er RNA-sekvensering?
RNA-sekvensering er basert på transkriptomet, som er komplette transkripsjoner av cellen. Hovedmålene for RNA-sekvensering er å katalogisere alle arter av transkripsjonen, inkludert mRNA, ikke-kodende RNA og lite RNA, for å bestemme transkripsjonsstrukturen til gener og for å kvantifisere ekspressjonsnivåene til hvert transkripsjon under utvikling. Under RNA-sekvensering ble hybridiseringsteknologier (som var komplementært DNA avledet fra modne mRNA-sekvenser) opprinnelig brukt til sekvensering. For tiden brukes en mer nøyaktig og en avansert gjennomstrømningsteknikk for RNA-sekvensering.
Figur 02: RNA-sekvensering
I RNA-sekvensering blir en prøve av RNA som kan være total RNA eller fraksjonert RNA omdannet til dets komplementære DNA (cDNA) ved bruk av omvendt transkripsjon, og et cDNA-bibliotek blir fremstilt. Hvert cDNA-fragment er festet til adaptere på begge sider (par-end-sekvensering) eller på den ene siden (single-end-sekvensering). Disse merkede sekvensene blir sekvensert ved bruk av Sanger-sekvensering eller neste generasjon, som exome-sekvensering.
Hva er likhetene mellom Exome og RNA-sekvensering?
- Kort utvalgte fragmenter eller hele settet av DNA / RNA kan brukes til Exome- eller RNA-sekvensering.
- Sekvenserte fragmenter er bevart i biblioteker.
- Sanger-sekvensering eller Next Generation-sekvensering kan brukes.
- Begge er in vitro-sekvenseringsmetoder.
- Sekvenserte fragmenter kan bestemmes av fluorescerende merker.
Hva er forskjellen mellom Exome og RNA-sekvensering?
Diff Article Midt før tabell
Exome vs RNA-sekvensering |
|
| Exome-sekvensering er sekvenseringen av det komplette settet med exoner eller kodende DNA-regioner som er tilstede i en organisme. | RNA-sekvensering refererer til sekvenseringsprosedyren for ribonukleinsyrer (RNA); transkripsjonen. |
| Starter prøve | |
| Genomisk DNA er startprøven på exome-sekvensering. | RNA er startprøven på RNA-sekvensering. |
| Sammensetning | |
| Dette inneholder bare kodende regioner av det totale DNA kjent som Exons | Dette inneholder RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekvensering | |
| Det er to hovedmetoder for exome sekvensering; løsningsbaserte og arraybaserte teknologier. | RNA-sekvensering gjøres via fremstilling av et cDNA-bibliotek ved å ekstrahere total RNA eller fragmentert RNA. |
Sammendrag - Exome vs RNA-sekvensering
Exome er det komplette settet med kodende regioner i en organisme, og teknikkene involvert i bestemmelsen av eksakt nukleotidrekkefølge av Exome er kjent som exome-sekvensering. RNA-sekvensering er teknikken som er involvert i bestemmelsen av nukleotidrekkefølgen til RNA i en organisme. Dette er forskjellen mellom exome og RNA-sekvensering.
Last ned PDF-versjon av Exome vs RNA-sekvensering
Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til frakoblede formål som angitt i en henvisning. Last ned PDF-versjon her Forskjellen mellom Exome og RNA-sekvensering
