Nøkkelforskjell - Blunt vs Sticky End Ligation
Restriksjonsendonukleaser er spesifikke enzymer som kutter dobbeltstrenget DNA (dsDNA). De er også kjent som molekylær saks i molekylærbiologi. Restriksjonsenzymer er i stand til å gjenkjenne spesifikke korte sekvenser av dsDNA kjent som gjenkjenningssteder og spalte fosfodiester- og hydrogenbindinger for å åpne doble tråder. Som et resultat av spaltning av disse enzymene, produseres DNA-fragmenter med forskjellige typer ender som klebrig ender og stumpe ender. DNA ligase er et enzym som brukes i molekylærbiologi for å sammenføye to tilstøtende DNA-tråder ved å danne nye bindinger. Trinnet er kjent som ligering, og i henhold til typen av DNA-endeligert kan de bli referert til som stump endeligering og klebrig endeligering. Hovedforskjellen mellom stump og klebrig endeligering er at stum endeligering oppstår mellom DNA-fragmenter som inneholder to stumpe ender, mens klebrig endeligering oppstår mellom 5 'og 3' overheng. Sammenlignet med stum endeligering er klebrig endeligering mer effektiv og stabil.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er stump endeligering
3. Hva er Sticky End Ligation
4. Sammenligning side om side - Stump vs Sticky End Ligation
5. Sammendrag
Hva er en stump sluttligering?
Noen restriksjonsendonukleaser kan kutte DNA i motsatte baser og produsere stumpe DNA-fragmenter. Disse enzymene er kjent som stumpe kutter; de klyver rett ned til midten av begrensningsstedet uten å forlate enkeltstrengede overhengende baser. Stumpe ender er også kjent som ikke-overhengende ender, siden de ikke har 3 'og 5' overhengende baser i endene. Begge strengene slutter fra basepar i stumpe ender. Vanlige stumpe skjærende enzymer er EcoRV HaeIII, AluI og Smal.
Stump ende ligering er involvert mellom to stump ender. Det er ikke en ligering av utstikkende baser. Denne ligeringen er mindre effektiv enn klebrig endeligering. Imidlertid blir stump sluttligering i noen anledninger mer fordelaktig enn klebrig sluttligering, spesielt når ligering av PCR-produkter blir. PCR-produkter produseres alltid med stumpe ender. Stum endeligering krever ikke komplementære ender i DNA for ligering.
Figur 01: Stump sluttproduksjon av Eco RV enzym
Hva er en Sticky End Ligation?
Noen restriksjonsendonukleaser er i stand til å kutte dsDNA, og etterlater et overhengende stykke enkeltstrenget DNA på slutten. Disse ender er kjent som klebrig eller overhengende ender. Klebrig endeligering oppstår mellom to DNA-fragmenter som inneholder matchende utheng fordi klissete ender er besatt med uparede baser og krever komplementære baser for å danne bindinger. Derfor er det nødvendig å bruke det samme restriksjonsenzymet for begge DNA-kildene for å produsere de matchende ligeringsfragmentene.
Klebrig endeligering er mer effektiv og er ofte svært ønskelig i kloningsprosesser. Det er flere restriksjonsenzymer som produserer klebrig ender. De er EcoRI, BamHI, HindIII etc.
Figur 02: Klebrig sluttproduksjon med Eco RI-enzym
Hva er forskjellen mellom Blunt og Sticky End Ligation?
Diff Article Middle before Table
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Stum endeligering oppstår mellom to stumpe DNA-fragmenter. | Klebrig endeligering oppstår mellom to matchende DNA-fragmenter med klebrig ender. |
| Enzymer | |
| Stumpe kuttere produserer stumpe ender. | Sticky end cutters produserer klebrig eller sammenhengende ender. |
| Krav om samsvarende ender | |
| Det krever ikke matchende fragmenter eller komplementære baser. | Det krever komplementære baser i endene for å danne basepar. |
| Effektivitet | |
| Det er mindre effektivt enn klebrig endeligering | Det er mer effektivt enn stump sluttligering. |
Sammendrag - Blunt vs Sticky End Ligation
Restriksjonsendonukleaser er i stand til å spalte dsDNA og produsere DNA-fragmenter med forskjellige ender. De gjenkjenner spesifikke sekvenser og begrenser DNA som skaper klissete og stumpe ender. Klissete ender har uparede baser på enden av fragmentene. Stumpe ender opprettes på grunn av en rett spaltning, og de har basepar i endene. Klebrig endeligering krever to komplementære enkeltstrengede DNA-stykker. Stum endeligering oppstår mellom to stumpe endefragmenter. Dette er forskjellen mellom stump og klebrig ligering.
