Hovedforskjellen mellom Pepsin og Protease er at pepsin er en type protease mens proteasen er et enzym som spalter protein i aminosyrer.
Proteiner er viktige makromolekyler laget av forskjellige aminosyrer. Aminosyrer er byggesteinene til proteiner, og de polymeriserer til proteiner ved amidbindinger. Noen enzymer kan bryte proteiner i aminosyrer, og de er kjent som proteaser. Det er forskjellige typer proteaser som er forskjellige i henhold til hydrolysemekanismen. Blant dem er pepsin, som er en gastrisk protease, en slik type.
