Hovedforskjellen mellom prototropi og tautomeri er at prototropi diskuterer to former for et molekyl som bare skiller seg fra hverandre i posisjonen til et bestemt proton, mens tautomeri diskuterer interkonvertering av to strukturelle isomerer via flytting av atomer eller bindinger.
Prototropi er en form for tautomeri; det er den vanligste formen for tautomerisme. Tautomerisme er et begrep innen organisk kjemi som beskriver konvertering av en strukturell isomer til en annen isomer via flytting av atomer eller bindinger. Hvis flyttingen skjer i en proton i molekylet, så kaller vi det prototropi. Derfor er denne typen tautomerisme kjent som prototropisk-tautomerisme.
