Hovedforskjellen mellom fluksjonalitet og tautomerisme er at fluksjonalitet refererer til utveksling av noen eller alle atomer i et molekyl, mens tautomerisme refererer til utveksling av protoner mellom molekyler.
Begge begrepene fluksjonalitet og tautomerisme refererer til utveksling av atom (er) mellom forskjellige posisjoner som aksiale og ekvatoriale posisjoner. Hvis disse forskjellige posisjonene ligger på det samme molekylet, er det fluksjonalitet. Men hvis atomet som byttes ut er et hydrogenatom (en proton) og av posisjonene er i to forskjellige molekyler, kalles det tautomerisme.
