Hovedforskjellen mellom startkodon og stoppkodon er at startkodon er trinukleotidsekvensen som markerer begynnelsen på sekvensen som oversettes til et protein mens stopkodon er trinukleotidsekvensen som markerer slutten på sekvensen som oversettes til et protein.
Genetisk kode for et gen inneholder instruksjonene som trengs for å lage et spesifikt protein. Den inneholder trinukleotidsekvenser som er kjent som kodoner. Hver kodon spesifiserer en aminosyre. Aminosyrer er byggesteinene til et protein. Genetisk kode for hvert gen starter med et startkodon og slutter med et stoppkodon. Derfor markerer startkodon nettstedet der oversettelse til protein begynner. Stop codon, derimot, markerer nettstedet der oversettelse til protein slutter. Derfor kan vi identifisere disse to kodonene som to skilletegn i den genetiske koden. Begge er spesifikke trinukleotidsekvenser.
