Hovedforskjellen mellom UTR og intron er at UTR er en ikke-kodende nukleotidsekvens som er inkludert i den modne mRNA-sekvensen mens intron er en sekvens som ikke er inkludert i det modne mRNA-molekylet.
UTR eller ikke-oversatt region er en ikke-kodende sekvens som finnes i mRNA-molekylet. På hver side av mRNA-sekvensen kan vi se en UTR. Derfor er det to UTR-er som 5'UTR og 3'UTR. I kontrast er et intron en ikke-kodende sekvens som finnes mellom eksoner av genet. Introner skjøtes av når du lager mRNA. Derfor blir introner ikke sett i mRNA-sekvensen. Imidlertid er både UTR og intron viktige elementer i eukaryote genomer.
