Hovedforskjellen mellom CDS og cDNA er at CDS eller kodende sekvens er den delen av et transkripsjon som faktisk er oversatt til protein mens cDNA-sekvens er en DNA-sekvens avledet fra mRNA ved omvendt transkripsjon.
Et gen er en nukleotidsekvens som koder for et protein. Den består av forskjellige regioner som promotorregion, transkripsjonsinitieringssted, eksoner, startkodon, introner og stoppkodon. Derfor har et gen både kodende og ikke-kodende sekvenser. Kodesekvenser eller CDS refererer til eksonene og to kodoner, som er startkodon og stoppkodon. Det er sekvensen som faktisk oversettes til et protein. I kontrast er cDNA en DNA-sekvens avledet fra mRNA ved omvendt transkripsjon.
